阿米巴肝脓肿的主要并发症为脓肿向周围组织穿破及继发细菌感染。

　　阿米巴肝脓肿可向周围器官穿破，右叶脓肿向上可穿过膈肌形成脓胸或肺脓肿，穿破至支气管造成胸膜-肺-支气管瘘;向下可至大肠、肾脏、腹腔;向左还可穿破胃部。左叶脓肿可穿破至心包或腹腔、胸腔引起心包炎或腹膜炎、胸膜炎。除穿破至胃肠道或形成肝-支气管瘘外，预后大多恶劣。

　　慢性阿米巴肝脓肿、阿米巴肝脓肿穿刺容易引起继发细菌感染，出现感染时患者可有寒战、高热较明显，毒血症加重，血白细胞总数及中性粒细胞均显著增多。脓液呈黄绿色，或有臭味，镜检有大量脓细胞，但细菌培养阳性率不高。