不动杆菌感染应与其他病菌引起的疾病相鉴别，如细菌性肺炎、嗜血流感杆菌脑膜炎等。由于不动杆菌临床表现并无特征性，所以通过尿液、痰液、脑脊液的细菌培养方法检测鉴定感染菌种来鉴别。值得注意的是，不动杆菌与莫拉菌和奈瑟菌在形态上很相似，但也有一定区别。一般奈瑟菌为肾形，相对排列;莫拉菌则为短杆菌，成双排列，两端相连。不动杆菌在琼脂平板中呈双球菌形态，在肉汤培养基中呈典型的杆菌形态。
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