1.克罗恩(Crohn)病　本病的临床表现和X线钡餐表现有时可与肠结核相似，容易造成误诊，但两者仍有一些不同之处以资鉴别：

　　(1)肠结核多伴随其他器官结核。

　　(2)肠结核并发肠瘘、出血、肠壁或器官脓肿的机会比Crohn病少。

　　(3)X线检查结核造成肠道的缩短比Crohn病更明显，病变单纯累及回肠多见于Crohn病，而仅累及盲肠则多考虑为结核。

　　(4)内镜检查肠结核的溃疡常呈环形，而Crohn病的溃疡多为纵行，裂隙状溃疡及铺路石征多见于Crohn病。

　　(5)组织学(最重要的鉴别)肠结核可在肠壁或肠系膜淋巴结找到干酪坏死灶或结核杆菌而Crohn病则否。

　　(6)抗结核治疗肠结核有效，但Crohn病效果差。

　　(7)肠结核手术切除病变后的复发率比Crohn病低，Crohn病术后复发率在5年内一般达50%。

　　2.结肠癌　本病因有腹痛、腹泻、腹块及进行性消瘦、苍白等表现，必须和肠结核加以鉴别。鉴别要点可包括以下几方面：

　　(1)发病年龄一般比肠结核大，常在40岁以上，且无肠外结核病变证据。

　　(2)病程有进行性发展趋势，一般无发热，盗汗等毒血症表现，而消瘦苍白等全身消耗症状比较明显。

　　(3)腹块开始出现时往往可以推动，其粘连固定不如肠结核显著，压痛常缺如，但表面呈结节感，质地较坚硬。

　　(4)X线检查的主要发现是病变部位有钡剂充盈缺损，但涉及范围较局限，不累及回肠。

　　(5)肠梗阻更为常见，且出现较早。

　　(6)纤维结肠镜检查可窥见肿瘤，在直视下取活检及细胞刷涂片均可证实结肠癌诊断。

　　3.肠淋巴瘤　肠淋巴瘤为一般状况，恶化比肠结核迅速，腹块出现较早，X线显示扩张肠段黏膜皱襞有破坏，可伴有浅表淋巴结及肝脾肿大，肺门淋巴结肿大，抗结核治疗无效。如果病变在回盲部，结肠镜检查并活检往往会有阳性结果，倘若临床鉴别十分困难，应及早手术探查。

　　4.阿米巴或血吸虫肉芽肿　肠阿米巴病或血吸虫病在其慢性期可以形成肉芽肿病变，特别是病变涉及回盲部者，常与肠结核的表现相似，应加鉴别。但是这些患者经追询病史均有流行病学和感染史，其脓血便均较肠结核为明显，大便检验可以查到阿米巴滋养体，包囊或血吸虫卵，必要时进行粪便孵化找血吸虫毛蚴，通过纤维结肠镜检查可窥见相应的病变，特异性治疗能够获得疗效。

　　5.溃疡性结肠炎并发逆行性回肠炎　两者鉴别一般并无困难。本病的临床表现以脓血便为主，这在肠结核极为少见。溃疡性结肠炎如涉及回肠者，其病变必累及整个结肠，并且以乙状结肠，直肠最为严重，做直肠或乙状结肠镜与活组织检查可不难作出诊断。

　　6.耶尔森菌肠炎　耶尔森菌最常侵犯末端回肠，使肠壁增厚，肠黏膜炎症改变，肠系膜淋巴结肿大，其表现与回肠结核相似。但耶尔森菌肠炎病程短暂，能自愈，与肠结核可以区分，如果在急性期取粪便、血液或组织标本培养，该菌可能阳性。血清凝集试验测定抗体滴度升高对诊断该病亦有帮助。

　　7.其他　一些少见的疾病例如肠道非典型分枝杆菌病(多见于AIDS患者)，性病性淋巴肉芽肿，梅毒侵犯肠道，肠放线菌病消化性溃疡与胆道感染等。根据病史、体征和有关实验室检查及其他相应的辅助检查等可与肠结核相鉴别。