①与病毒性肝炎鉴别，肝结核与病毒性肝炎在临床表现上均可出现黄疸，但病毒性肝炎是由各型肝炎病毒引起的，病毒直径大小在27~60nm之间，结核杆菌长约1～5μm，宽0.2～0.5μm，形态学上两者区别较大。应用抗酸染色法做鉴别时，结核杆菌可有阳性结果。②局限性肝结核瘤有时与肝癌难以鉴别，而粟粒性肝结核有时易与弥漫型肝癌混淆，但后者病情严重，病程发展较快，甲型胎儿蛋白(AFP)阳性，结合慢性肝病史等，一般可以鉴别。③肝结核形成脓肿后应与阿米巴性或细菌性肝脓肿相鉴别。在临床表现上细菌性肝脓肿多继发于胆道感染，全身中毒症状严重，有寒战、高热，而阿米巴性肝脓肿多有脓血便史，脓肿一般比较大，脓液呈巧克力色;从病原学上也可做细菌检查，一般不难鉴别。④对具有黄疸的病例，容易误诊为肝硬化、钩端螺旋体病、败血症等，尤其当患者有结核病史或治疗无效而日渐恶化时，应警惕本病的可能并结合包括细菌检查、影像检查等在内相关检查。⑤肝脾肿大、高热、黄疸、贫血、恶病质，应与淋巴瘤、急性白血病、恶性网状细胞增多症相鉴别，可查骨髓象和淋巴结活检，可发现淋巴瘤、急性白血病、恶性网状细胞增多症相对应的淋巴细胞、白细胞、网状细胞绝对数明显升高。