华支睾吸虫病的并发症以胆道感染，胆管炎和胆石症最常见。严重感染者还可出现肝硬化。成虫长期堵塞胆管是引起胆汁性肝硬化的直接原因，成虫阻塞胰管还可引起胰管炎及胰腺炎。在流行区常见先感染华支睾吸虫后再感染病毒性肝炎者。患病毒性肝炎后，其乏力及纳差等消化道症状会明显加重，肝、脾大可较显著，肝功能不易恢复正常，并常存在肝胆道感染，其黄疸亦较难消退。亦有慢性病毒性肝炎患者再感染华支睾吸虫而致病情加重的报道。本病还与原发性肝细胞癌或胆管上皮癌的发生有着密切的关系。