主要与梅毒性角膜基质炎相鉴别：
1.结核性多为单眼发病;梅毒性则是双眼居多。
2.结核性好发于角膜的下方;梅毒性多侵犯全角膜。
3.结核性混浊为深浅不一，浓淡不均;梅毒性则为弥漫性均一的灰白色混浊。
4.结核性病程分期不明确;梅毒性分期明显。
5.结核性病程较长，反复发作，时好时坏;梅毒性极少有复发。
6.以结核菌素作皮内试验对结核性有一定价值;而康-华反应对梅毒性的诊断有一定价值。
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