1、细菌性痢疾：典型菌痢有高热、腹痛腹泻、泻脓血便。腹痛在下腹或左下腹，左下腹明显压痛，且有肠索，伴明显里急后重。粪检有较多脓细胞、吞噬细胞。重者常脱水。这都有利于和本病区别。

　　2、病毒性胃肠炎：一些病毒引起的腹泻综合征。主要表现腹泻伴呕吐或发热，重者可引起脱水、酸中毒和电解质紊乱，甚至死亡。在世界各地广泛存在和流行。儿童和成人均可发病，在儿童中是仅次于呼吸道感染的常见病。

　　3、溃疡性结肠炎：多为血性腹泻或脓血便，每日2-4次，严重者血水样便，每日10次以上。可有左下腹或下腹部阵发性痉挛性绞痛，伴有便意或里急后重。偶有恶心、呕吐、上腹不适、发热等症状。

　　4、肠道外感染者须与沙门菌病及布氏菌病鉴别。细菌性食物中毒可按致病菌分类，分为沙门氏菌食物中毒、副溶血性弧菌食物中毒、肉毒梭状芽孢杆菌食物中毒等。

　　5、其它细菌所致腹泻：如鼠伤寒、致病性大肠杆菌、耶氏菌、亲水气单胞菌，其他厌氧菌等，单从临床有时很难鉴别。怀疑时应依靠病原学和血清学来确诊。