(一)细菌性痢疾是由痢疾杆菌引起的常见急性肠道传染病，以结肠化脓性炎症为主要病变，有全身中毒症状、腹痛、腹泻、里急后重、排脓血便等临床表现。典型菌痢有高热、腹痛腹泻、泻脓血便。腹痛在下腹或左下腹，左下腹明显压痛，且有肠索，伴明显里急后重。粪检有较多脓细胞、吞噬细胞。重者常脱水。这都有利于和本病区别。

　　(二)其它细菌所致腹泻，如鼠伤寒、致病性大肠杆菌、耶氏菌、亲水气单胞菌，其他厌氧菌等，单从临床有时很难鉴别。怀疑时应依靠病原学和血清学来确诊。

　　急性细菌性痢疾：急性细菌性痢疾(急性菌痢)是感染性腹泻最常见的原因。主要在夏秋季发病。可行成大、小流行。潜伏期多为1～2天，长可达7天。患者常以畏寒、发热和不适感急骤起病，有腹痛、腹泻，排便每天10余次至数十次。常伴里急后重、恶心、呕吐与脱水。粪便在病初可为水样，以后排出脓血便或黏液血便。镜检可见大量红、白细胞，粪便培养可培养出痢疾杆菌。

　　中毒型菌痢以儿童多见或年龄较大，体质衰弱，营养不良者。中毒型菌痢有时以高热、抽搐等毒血症症状为主要表现。需以棉拭子由肛门取粪便进行镜检或细菌培养常可明确诊断。

　　病毒性胃肠炎：病毒性胃肠炎的主要表现为儿童或成人的夏季流行性、无菌性腹泻。临床特点是高度传染性和极低的病死率，有轻度的发热、不适感、恶心、呕吐与稀便等症状。

　　(三)肠道外感染者须与沙门氏菌病及布氏菌病鉴别。

　　沙门氏菌病也成为副伤寒，副伤寒甲、乙、丙是分别由副伤寒甲、乙、丙三种沙门菌所致的急性传染病。副伤寒甲、乙的症状与伤寒相似，但一般病情较轻，病程较短，病死率较低。副伤寒丙的症状较为不同，可表现为轻型伤寒，急性胃肠炎或脓毒血症。

　　布氏菌病临床表现非常复杂，因此分型困难。根据1977年我国北方防治地方病领导小组办公室颁发的“人布氏菌病的诊断和治疗效果判定试行标准”，临床分型为急性期、慢性期活动型及慢性期相对稳定型。潜伏期7～60天，平均2周，少数患者可达数月至1年以上。