早发型的鉴别诊断包括：肺透明膜病、羊水吸入综合征、持续胎儿循环、败血症(经产道的大肠埃希杆菌、单纯疱疹感染)、代谢性疾病(低血糖、高氨血症)、解剖异常(先心病、膈疝)或其他原因所致的青紫和败血症样表现。

　　有些情况GBS感染难与肺透明膜病鉴别。肺透明膜病又名特发性呼吸窘迫综合征或新生儿呼吸窘迫综合征(respiratory distress syndrome;RDS)，系指生后不久由于进行性肺不张而出现的进行性呼吸困难、青紫、呼气性呻吟、吸气性三凹及呼吸衰竭;病理上以终末细支气管至肺泡壁上附有嗜伊红性透明膜为特征。一般见于早产儿，主要因表面活性物质不足而导致肺不张，故又称“表面活性物质缺乏综合征”它是引起早产儿早期呼吸困难及死亡的最常见原因。

　　如Apgar评分低、生后第1天有休克和呼吸暂停、早破水、心大、胸膜渗出、病情恶化快等。足月儿GBS感染如同时有低氧、低血压、粒细胞减少、呼吸暂停等，则可发生持续胎儿循环。