因为缺乏成熟、可靠的实验室诊断方法，严重急性呼吸综合征的诊断必须排除其他可以解释患者流行病学史和临床经过的疾病。临床上要注意排除上呼吸道感染、流行性感冒、细菌性或真菌性肺炎、获得性免疫缺陷综合征(AIDS)合并肺部感染、军团菌病、肺结核、流行性出血热、肺部肿瘤、非感染性间质性肺疾病、肺水肿、肺不张、肺栓塞症、肺嗜酸粒细胞浸润症、肺血管炎等临床表现类似的呼吸系统疾患。

　　因发热、呼吸道症状就诊，首次胸部X线检查有异常发现者，从鉴别诊断角度应考虑细菌性肺炎、非典型致病菌肺炎(肺炎支原体、肺炎衣原体、嗜肺军团菌)、其他感染性肺炎(真菌性肺炎、艾滋病合并肺部感染、肺结核、流行性出血热等)、非感染性肺病(肺部肿瘤、非感染性间质性疾病、肺水肿、肺栓塞、肺嗜酸性粒细胞浸润症、肺血管炎等)，应做进一步检查。

　　上呼吸道感染一般表现为患儿多不发热或低热，个别亦有怕冷、高热，全身酸困、头痛、食欲减退，而且上呼吸道的其他症状明显，流涕、喷嚏、鼻塞，声音嘶哑及咽炎等。而流行性出血热早期症状主要是咽痛、咳嗽、发热、头痛、腰痛、流涕等，要注意多方面综合看，因为其很容易与感冒混淆，