各个时期应与肺结核鉴别。肺结核是结核分枝杆菌引起的肺部疾病。主要是由开放性的病人咳嗽、打喷嚏时散播的带结核杆菌的气溶胶进行传播。

　　急性期应与病毒、细菌性及其他真菌性肺部炎症以及弥漫性肺部纤维化、类脂质性肺部病变等相鉴别。

　　急性播散性组织胞浆菌病有脾肿大、淋巴结病变、贫血及白细胞减少时，应与内脏利什曼病、淋巴瘤、传染性单核细胞增多症、马内菲青霉病、痢疾、布鲁菌病等鉴别。

　　出现皮肤及黏膜损害，应与肿瘤、孢子丝菌病、梅毒、细菌性蜂窝织炎、皮肤结核、弓形虫病或其他系统性真菌感染等相鉴别。

　　必须与结核，类肉瘤，淋巴瘤或白血病等其他原因引起的肾上腺功能不全区别。

　　儿童患者的临床表现颇似血液病或结核病等，须加鉴别。确定诊断需作真菌检查。