胃肠型食物中毒应与非细菌性食物中毒、病毒性胃肠炎、霍乱和食物中毒型急性菌痢相鉴别。

　　1、非细菌性食物中毒：发芽马铃薯、苍耳子、苦杏仁、河豚鱼或毒蕈等是非细菌性食物中毒的主因。该病潜伏期仅数分钟至数小时，一般不发热，以多次呕吐为主，腹痛、腹泻较少，但神经症状较明显，病死率较高。汞砷中毒者有咽痛、充血、吐泻物中含血，经化学分析可确定病因。

　　2、病毒性胃肠炎：由多种病毒引起，以急性小肠炎为特征，潜伏期为24～72h，主要表现有发热，恶心、呕吐，腹胀，腹痛腹泻等，排水样便可稀便，吐泻严重者可发生水、电解质及酸碱平衡紊乱。

　　3、霍乱：为无痛性泻吐，患者多呈先泻后吐，大便呈米泔水样，但不发热。因其潜伏期较长，故短期内不会大批患者。大便涂片荧光抗体染色镜检及培养若找到霍乱弧菌或受尔托弧菌，可确定诊断。

　　4、食物中毒型急性菌痢：偶见暴发。患者一般呕吐较少，常有发热，粪便多混有脓血，下腹部及左下腹明显压痛。大便镜检有红细胞、脓细胞及巨噬细胞，大便培养约半数有痢疾杆菌生长。