阿米巴结肠炎应与急、慢性肠炎，急、慢性菌痢，非特异性溃疡性结肠炎，结肠癌等相鉴别。最主要的是粪便检查和乙状结肠镜检查。还应与其他寄生虫引起的肠炎表现相鉴别。如血吸虫病人，可有腹痛腹泻的症状，乙状镜检查可看到肠黏膜上散在有黄色小颗粒，取活组织可查到血吸虫卵。兰氏贾第鞭毛虫寄生在小肠中，可引起腹痛腹泻症状，大便中可找到该虫的包囊和滋养体，如做十二指肠引流，检查引流液则阳性率更高。过去多年来认为，寄生在人结肠中的脆双核阿米巴是不致病的，但近年来国内外均有人提出，脆双核阿米巴可以使某些人出现胃肠道症状，以腹痛腹泻最为多见。大便每天2～4次，呈糊状，也可成形，结肠黏膜无明显的病理变化。至今未证实它有包囊，因此感染途径仍不清楚，有人认为可能通过蛲虫卵或幼虫而感染到人体。此问题值得今后进一步研究。脆双核阿米巴滋养体较小，直径3.5～12µm，铁苏木精染色可看到有2个核，不难与溶组织阿米巴滋养体相区别。