本病与下列疾病相鉴别：

　　1.新生儿肝炎 本病与新生儿肝炎鉴别最困难。但若把新生儿肝炎误认为胆管闭锁而作手术，可使病情恶化。有学者认为，胆道闭锁与新生儿肝炎可能为同一疾病的不同病理改变。胆道闭锁与新生儿肝炎二者早期临床表现及体征相近，皆表现有黄疸、肝肿大，故两者鉴别比较困难。但是二者有两种截然不同的临床病变发展过程，并有截然不同的治疗方法：前者只能通过早期外科手术，方有可能获得胆汁引流，可望获得生存希望;而后者则通过内科药物治疗多能获得治愈。因此，临床上对胆道闭锁早期诊断并与新生儿肝炎作出鉴别，尤为重要。临床上，需结合病史、查体、实验室及影像学等资料进行综合分析，方可作出正确判断。约20%的新生儿肝炎有胆道完全性阻塞阶段，梗阻性黄疸的表现，极似胆道闭锁，但此类患儿肝外胆道大部分正常，很少见脾大。经一般治疗，多数4～5个月后，胆道疏通，黄疸逐渐消退，可自然痊愈。所以通过长时间的临床观察，可作出鉴别诊断，是先天性胆道闭锁若能在2个月内行胆道重建手术，可获得良好的胆汁引流效果;超过3个月肝脏由于胆汁性肝硬化已造成了不可逆的损伤，即使手术，效果也不佳，因此早期鉴别诊断十分重要。

　　2.新生儿溶血症 此症早期与胆道闭锁相似，有黄疸、肝脾肿大等，但患儿有严重贫血表现，末梢血象大量核红细胞，随病儿长大，血象多自行恢复正常。新生儿溶血症黄疸开始时间为生后24小时内或第二天, 且逐渐加重，持续一个月或更长，以非结合胆红素升高为主。为溶血性贫血，肝脾大，母婴血型不合，严重者并发胆红素脑病。

　　3.新生儿哺乳性黄疸 病因为葡萄糖醛酸基转移酶的活力受到母乳中某些物质的抑制，一般于出生后4～7天黄疸加重，2～3周最深，血胆红素可达15～25mg/dl，以非结合胆红素升高为主，停乳后2～4天高胆红素血症迅速消退，本病临床上无肝脾肿大及灰白便。

　　4.先天性胆总管囊肿 本病为黄疸、腹部包块，灰白色粪便，但黄疸为间歇性，B超可探及液平肿块。

　　5.新生儿败血症 黄疸开始时间为生后3～4天或更晚，持续1-2周，或更长。早期非结合胆红素增高为主，晚期结合胆红素增高为主，溶血性，晚期并肝细胞性，感染中毒症状。

　　此外，肝外胆道附近的肿物或胆总管下端淋巴结肿大，可以压迫胆道引起梗阻性黄疸;先天性十二指肠闭锁、环状胰腺及先天性肥厚性幽门狭窄等亦可引起梗阻性黄疸，也应与感染性黄疸和酶代谢异常所致的黄疸相鉴别。