因本病极为罕见，且无特异性的临床表现和诊断方法，临床上常被医生忽视，容易误诊为肝癌、肝囊肿、肝脓肿、肝血管瘤等。无肝炎、肝硬化病史，肝功正常，甲胎蛋白阴性，即使肝肿块巨大，但无黄疸、腹水、脾大等特点，有助于与肝癌相鉴别。巨大原发性肝脂肪肉瘤，常合并中心组织坏死、液化，形成囊腔，酷似肝囊肿，但病人多伴有发热，体重减轻，且B超可见囊内回声强弱不等，囊壁厚薄不均。术中常规行冰冻病理检查，可明确病变性质，以免误诊、误治。
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