1.各类型间的鉴别诊断：利用糖代谢功能实验进行各项指标检查。Ⅰ型血糖累积病的确诊应以肝组织的定量和葡萄糖-6-磷酸酶活性测定为依据，其他各型亦依酶学检查确诊。

　　2.本病需与糖尿病相鉴别：糖尿病患者也有酸中毒，低血糖的症状，但糖尿病患者有典型的症状是“三多一少”，即多饮、多尿、多食及消瘦，根据次症状可鉴别。

　　3.本病需与肥厚型心肌病相鉴别：由某些基因突变引起的糖原贮积型心肌病可以模仿肥厚型心肌病，可利用电生理学现象区别。但该病有电生理学异常，而肥厚型心肌病后者没有。

　　4.肝性糖原累积病有低血糖者应与其他原因引起低血糖的疾病鉴别，可根据有无酮中毒和血乳酸水平来鉴别，其他疾病引起的低血糖一般均无前述实验室检查。

　　5.肌肉单独受累的糖原累积病(如V型)则应与其他代谢性肌病鉴别，如线粒体肌病、进行性肌营养不良、近端肌紧张性肌病等。肌肉活检有助于作出鉴别诊断，由糖原累积病引起者肌细胞中有糖原堆积。