肛门癌多发生在肛管或肛缘皮肤上，多为鳞状上皮癌，也有少数为基底细胞癌。生长在齿线的是肛管癌;生长在齿线下方是肛门周围癌或肛门缘癌。肛管癌多见于女性，肛门周围癌男性多见。鳞状细胞癌多发生于肛管及肛门周围，由肛管和肛门周围鳞状上皮发生，常因肛瘘、痔、手术瘢痕、湿疣、化脓性汗腺炎及潜毛囊肿长期慢性刺激损伤引起。
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