系统性红斑狼疮的病因仍未明确。目前多数学者认为，一些外来抗原和内源性抗原作用于免疫功能异常的患者，使B淋巴细胞高度活跃增殖，产生大量自身抗体，并与相应抗原结合形成免疫复合物沉积于肾小球，从而损害肾脏，发生狼疮性肾炎。作为内源性抗原的DNA与肾小球基底膜结合，并与循环中抗DNA抗体原位形成免疫复合物，亦可损害肾脏。一些补体成分的缺陷以及红细胞和吞噬细胞上某些受体密度减低，对免疫复合物的清除能力下降，可加重免疫复合物在组织中的沉积，从而加重组织的损害。