特综合征的自然病程各种各样，可能与感染的特殊微生物和宿主因素包括HLA-B27阳性有关。大部分患者关节炎持续数周至半年，甚至更长。少数患者仅有一次自限性关节炎发作，或反复发作而致残。最近有证据表明滑膜改变不显著的衣原体感染可能是引起反复关节炎发作的原因。有报道出现足跟痛提示预后不良。部分患者(3%)可以出现与强直性脊柱炎难以鉴别的中轴关节病。大约有20%患者出现外周或中轴关节炎而被迫改变职业。HLA-B27阳性与持续的下腰痛和骶髂关节炎相关，但与其它症状如外周关节炎无关。

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