病因尚不明确，可能与下列因素有关：

　　(1)感染：心内膜病毒感染或寄生虫感染，累及心内膜下心肌，继而形成纤维化。

　　(2)嗜酸性细胞增多：这可能是部分心内膜心肌病的原因，这种嗜酸性细胞具有空泡和脱颗粒现象，嗜酸性细胞向心肌内浸润和脱颗粒现象的机制不清，有学者认为某些特殊致病因子可能与心肌组织具有相同的抗原决定簇，诱发机体自身免疫反应，通过嗜酸性细胞颗粒对心内膜或心内膜下心肌的毒性作用而向心肌内浸润，引发限制型心肌病。

　　(3)营养与饮食：营养不良及富含5一羟色胺食物的过量摄入可能与疾病的发生有关。

　　(4)自身免疫损伤：51％～71％的心内膜心肌纤维化患者抗心肌自身抗体阳性，88％有IgG和IgM混合型冷球蛋白阳性，故有学者认为心内膜心肌纤维化可能是心脏对链球菌、丝虫、疟原虫及其他某些毒素或过敏原作用而发生自身免疫性损伤的结果。