由于克罗恩病病因尚不完全清楚，目前尚无根治疗法。治疗理论基础是通过阻断炎症反应和调节免疫功能进行的。原则上应尽早控制疾病的症状，促进缓解，维持治疗，防止复发，防治并发症和掌握手术治疗时机。

　　1.氨基水杨酸类：水杨酸偶氮磺胺吡啶和5-氨基水杨酸适用于慢性期和轻、中度活动期病人。水杨酸偶氮磺胺吡啶的治疗剂量为4～6g/d，分4次服用，一般3～4周见效，待病情缓解后可逐渐减量至维持量1～2g/d，维持用药1～2年。维持治疗对预防克罗恩病复发尚无定论。小肠型克罗恩病可用5-氨基水杨酸。严重肝肾疾患、婴幼儿、出血性体质以及对水杨酸制剂过敏者不宜应用水杨酸偶氮磺胺吡啶和5-氨基水杨酸制剂。

　　2.肾上腺皮质激素：对中、重度克罗恩病活动者宜采用激素治疗。常用剂量泼尼松（强的松）30～60mg/d，用药10～14天，约有80%患者症状缓解，以后可逐渐减量至5～15mg/d，维持2～3个月。不能口服者，可静滴氢化可的松200～400mg/d或甲基强的松龙48mg/d或ACTH40～60U/d，14天后改口服泼尼松维持，2个月左右病情缓解。对直肠、乙状结肠、降结肠病变可采用药物保留灌肠。用药过程中应警惕肠穿孔、大出血、腹膜炎及脓肿形成等并发症。

　　3.免疫抑制剂：对磺胺药或肾上腺皮质激素治疗无效者，可改用或使用其他免疫抑制剂。硫唑嘌呤在体内代谢为6MP，对难治性克罗恩病有诱导和维持缓解，促进肛门和腹部瘘管闭塞以及对肠部分切除术后的维持治疗具有良好的疗效，常合并减少激素用量的作用。

　　4.抗生素：肠道细菌感染疾病的严重性与复发有密切关系，细菌的过度生长，特别是有并发症者，如脓肿、瘘管、盲袢等会致疾病恶化。甲硝唑能对抗厌氧菌破坏肠黏膜的作用，减轻疾病的活动指数，对难治性肛周脓肿治疗12个月后，80%伤口愈合良好，但减量后易复发。目前也有环丙沙星、克拉霉素成功治疗的报道。

　　5.肠道益生菌：肠道内正常菌群，特别是混合型（乳酸杆菌和双歧杆菌）制剂对改善克罗恩病有积极意义。有报道对水杨酸偶氮磺胺吡啶和5-氨基水杨酸过敏及不能耐受者使用肠道益生菌，12个月后75%患者仍可保持缓解状态。

　　6.生物治疗：由于免疫调节的生物制剂治疗克罗恩病的针对性强，副反应少，临床应用前景十分广阔。

　　7.外科治疗：外科手术不能治愈克罗恩病，而且术后复发率高，据报道5年复发率为50%，10年75%，15年91%。应尽量避免手术。对内科治疗无效的肠梗阻、瘘管或窦道形成、腹腔内感染、肠出血者等并发症者，有阑尾炎不能排除及疑有恶变者，行手术治疗。

　　8.其他：由于克罗恩病是慢性疾病，在病变中极易发生蛋白质-能量营养不良，支持疗法十分重要。加强营养，纠正代谢紊乱，改善贫血和低白蛋白血症。必要时可输血、血浆、白蛋白、复方氨基酸，甚至要素饮食或静脉内全营养。