可能与肠易激综合征混淆的常见疾病有：乳糖耐受不良，憩室病，“药物性腹泻”,胆道疾病，轻泻药的滥用，寄生虫疾病，细菌性肠炎，嗜酸性粒细胞性胃炎或肠炎，显微镜下（胶原性）结肠炎和早期炎症性肠病。炎症性肠病患者的年龄呈双峰分布，故对年轻和年老两组患者的评价一定要考虑到这些状况。对年龄超过40岁，特别是以前无肠易激综合征症状史者，若出现大便习惯改变，必须通过结肠镜排除结肠息肉和肿瘤，对年龄大于60岁的患者应该考虑缺血性肠病的可能。

　　妇女的盆腔检查有助于排除卵巢肿瘤和囊肿或子宫肌瘤，因为这些疾病症状可与肠易激综合征相似。对于腹泻患者，甲状腺功能亢进症，类癌综合征，甲状腺髓样癌，VIP瘤和Zollinger-Ellison综合征的可能性均应被考虑。便秘且无解剖学病损的患者，则应被考虑有无甲状腺功能减退或甲状旁腺功能亢进症的可能性。如果患者的病史和实验室检查提示吸收障碍，应进行吸收测定以排除热带口炎性腹泻，乳糜泻和Whipple病，最后，对所有非便时需过度用力的便秘患者，应考虑排队其他病（如盆底肌肉不协调）。