本病临床表现轻重不等，全身性巨细胞包涵体病主要发生于新生儿和幼婴期，如此时见到黄疸、肝脾肿大、皮肤瘀点、小头畸形、颅内钙化等，应注意与弓形体病、败血症、先天性胆道梗阻、乳儿肝炎、全身性单纯疱疹、先天性白血病、先天性风疹综合征等鉴别。智力低下，运动障碍、脑性瘫痪等症状一般在较大婴儿才能被发现。

儿童期出现下列情况时，要考虑获得性巨细胞包涵体病的可能性：①不能以其他病因解释的慢性肝病或迁延性间质性肺炎;②临床类似传染性单核细胞增多症，但抗EB病毒衣壳抗原的嗜异凝集试验阴性，往往发生于手术(尤其开心手术)后接受大量新鲜血者;③接受免疫抑制剂治疗的慢性消耗性疾病患儿(如白血病、恶性肿瘤)、接受器官移植的受者，如发生较严重的肺炎，往往是CMV感染所致。

遇到上述情况时，要进行病毒学和血清学检测才能明确诊断。

大多CMV感染是不显性的。感染后的表现多种多样。有症状者分为两个类型：

1、先天性感染约10%患儿在出生后有明显症状，表现为肝脾肿大、持续性黄疸、皮肤瘀点、小头畸形、脉络膜视网膜炎、智力低下和运动障碍等。上述任何一项表现都可单独存在，并可伴有生长缓慢、烦躁、有时发热，体温自微热至40℃。但因出生时仅有一小部分患儿有临床症状，故多数不能确定诊断。如生后数月至数年才出现症状者，也可表现为听力丧失，轻度神经系统症状及发育障碍，以致影响学习。先天性巨细胞包涵体病患儿，可出现各种先天畸形，可有痉挛状态、两侧瘫痪、癫痫样抽搐、视神经萎缩、耳聋(约10%患儿发生耳聋)，并可对细菌感染的敏感性增加。有的无症状先天性CMV感染的患儿，虽体格发育正常，仍可有先天畸形及听力损害，但其发生率和严重程度均低于有症状的患儿。