患者尿液均正常，感染并非膀胱壁纤维化的主要病因，有学者认为盆腔外科手术或感染产生的淋巴管梗阻是其病因，而许多患者没有这样的病史。亦有学者提出是由于血栓静脉炎伴膀胱或骨盆内脏器急性感染，或由于精神冲动产生长期小动脉的痉挛所致，还可能与内分泌因素有。

目前，大量的证据认为间质性膀胱炎是一种自体免疫胶原性疾病。Oravisto等研究了54例该病女性患者，发现85％患者中有抗核抗体，且有相当数量的患者具有反应素型的过敏反应或对药物的超敏性。这可以通过对肾上腺皮质激素治疗高敏可以得到解释。目前，对肥大细胞和膀胱表面氨基酸糖甙在间质性膀胱炎中的作用受到注意，一些研究人员正着手进行这方面的研究。