尿道炎首先应与淋病性尿道炎区别淋病性尿道炎是一种特异性感染的性病尿道有脓性分泌物脓液涂片染色检查可见在分叶核粒细胞内有革兰氏阴性双球菌其次应与非淋菌性尿道炎及滴虫性尿道炎区别女性容易在阴道内找到滴虫而在男性不易找到滴虫常需在包皮下尿道口分泌物前列腺液以及尿液中检查有无滴虫作出诊断Reiter症候群除尿道炎外同时有结膜炎和关节炎。

临床上沙眼衣原体感染常与淋球菌感染有紧密联系这两种病原体均可引起男性尿道炎附睾炎直肠炎女性宫颈炎尿道炎盆腔炎等它们引起的疾病其临床症状和体征差别不大因此单凭临床观察是不易区分的而且沙眼衣原体和淋球菌可合并感染准确的鉴别诊断有赖于实验室检查在临床实践中常对确定为淋球菌感染者无论是否检查沙眼衣原体感染均常规给予抗淋球菌和沙眼衣原体两种病原体的治疗。