专家指出，百日咳逞凶的原因有三个：

　　第一是百日咳杆菌“适应”了百日咳疫苗，产生了“免疫抵抗”，也就是说百日咳杆菌发生了基因变异，使原来的疫苗失去效用；

　　第二是引起百日咳病症的病原菌更为复杂了，除了百日咳杆菌外，还有副百日咳杆菌也能引起百日咳样症状。

　　第三是不少孩子没有及时接种或没能全程接种预防疫苗(百白破三联疫苗)，有人因为这种疫苗的副作用较大而不愿意接种；

　　不典型百日咳增多

　　百日咳杆菌侵入呼吸道能产生许多毒性因子，如百日咳毒素、丝状血凝素、气管细胞毒素等，使气管黏膜发生炎症，细胞坏死，引起呼吸道黏性分泌物增加，刺激支气管神经末梢，反射性引起剧烈性连续性咳嗽，这叫痉挛性咳嗽，简称“痉咳”。这些毒性因子也会引起全身症状，如低热、恶心、呕吐、头痛、不适等。

　　近几年来，不典型的百日咳增多，约有50%儿童百日咳是“亚临床感染”。他们的症状不典型，仅有慢性咳嗽，不发生百日咳那样的痉咳，也因此不能被及时诊断，大家就更难识别。但他们在咳嗽时仍可向外界排放大量百日咳病菌，传染别人，国外有学者发现，感染百日咳病菌可没有任何症状，成为带菌者，对周围人群构成威胁。

　　近年来的研究还发现，儿童感染某些衣原体、腺病毒后也会产生百日咳样的症状，临床难以区分。更令人惊叹的是，一种叫做“支气管败血性鲍特氏杆菌”的病菌也参与其中，此菌本来是动物疾病的病原体，但偶尔也可引起儿童慢性咳嗽，发生类似于百日咳样症状。现代百日咳的病因更为复杂化了，对预防和治疗都提出了挑战。