在慢性腹泻中，肠功能紊乱占大多数，处理原则与慢性菌痢不同。临床上常常遇到的问题是将肠功能紊乱误诊为慢性菌痢，反复以抗生素治疗，结果不仅腹泻不止，而且造成一系列抗生素的严重副作用。两者鉴别十分重要。

两种疾病的共同表现是均有腹痛、腹泻及粘液便，但慢性菌痢的大便常规镜检可见白细胞，大便培养志贺氏菌阳性，乙状结肠镜检查，可见肠粘膜溃疡出血；而肠功能紊乱者，大便常规镜检无红白细胞，肠道其它病原学检查阴性，乙状结肠镜检查肠粘膜正常，并可排除其它肠道器质性疾患。本病属内科疾病，无传染性，治疗原则是不要用抗生素，宜调整肠道菌群及肠道功能。