两型锥虫病的病情严重程度及发展过程均有所不同。如冈比亚型感染后多无症状，可持续数月甚至几年，此阶段约半数有颈淋巴结病。初期多无“下疳”。淋巴血液期症状轻。脑膜脑炎出现较晚，进展缓慢。罗得西亚型潜伏期为2～3周。发病急，病情重，多有急性中毒症状，如发热高，消瘦明显，迅速衰竭，并有继发感染或心肌炎等。但淋巴结病较轻。自然过程常于6～9个月以内死于毒血症。脑膜脑炎可发生在早期，且进展迅速，但也有典型的睡眠病症状,尚未出现即死亡者。
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