厌氧菌是下呼吸道感染中较为常见的病原体，通常所致肺部感染主要为吸入性肺炎，继而呈化脓性经过，形成肺脓肿或并发脓胸。临床上62%～100%的吸入性肺炎系由厌氧菌所致。脓胸中厌氧菌占25%～40%，个别高达76%。由于标本采集问题，厌氧菌在细菌性肺炎中的确切比例并不十分清楚。一些研究显示，社区肺炎中厌氧菌占21%～33%，仅次于肺炎链球菌，居第2位;医院肺炎中有报道可达35%，但也有认为此数据可能明显高估了。
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