针对该菌通过直接接触传播和社会接触传播，感染洋葱假单胞菌的病人应和未感染的病人隔离，并限制其社会活动，但后者往往遭到病人反对，且有争议；医务人员接触病人后应洗手，以减少交叉感染机会；杜绝共同使用雾化吸入器，避免交叉感染，并每天将雾化吸入器拆开浸入次氯酸钠溶液消毒，每周高压灭菌1次。对患有鼻窦炎的病人，应进行鼻窦穿刺，减少感染源。
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