本病的控制在于采取措施禁止在反刍动物饲料中加入反刍动物的组织，在屠宰或炼脂操作程序中采取措施保证灭活所有受了感染牲畜的朊病毒。控制nvCJD还包括通过禁止食用动物的各种组织来减少对BSE因子的暴露。全国以及全世界对BSE和nvCJD的监测也对限制本病有益。世界卫生组织(WHO)欧洲联盟(EU)的有关机构为防止BSE对人类的传播，制定了一系列的指南和要求，其中包括上述措施，以及对牛不同组织传染性的分级。根据其要点可以认为，食用牛乳、乳制品、牛肉等均不至引起本病的发生。但过去当地市场上曾有用牛骨(包括脊椎骨，很可能包括脊髓)不经高温处理而制成的调味品，这类食品有可能传播本病。虽然至今为止，尚无任何证据表明用牛的中枢神经组织以外的组织制备的医药产品引起nvCJD发生，但用牛的不同组织制造医药产品时，应高度限制原料的来源(即应取材于无BSE国家的牛)、生产过程中应有消除朊病毒或类似病原体的措施。