长期饮食不足是小儿营养不良的主要原因。母乳不足又未能增添其他乳品;人工喂养食物及量不足;未增添好辅食而仓促断奶;饮食不合理，蛋白质入量太少。

消化系统疾病使食物不能很快消化，影响食物的吸收和利用。先天性幽门狭窄、胃扭转或食管裂孔疝患儿常常呕吐，慢性腹泻或其他消化道疾病均可致营养不良。先天不足和全身各系统的慢性疾病也可导致营养不良。早产、双胎、先天性心脏病均是营养不良常见病因。食物摄入不足或消化吸收不良均使机体不能获得足够营养物质，但维持生命及日常活动仍需不断消耗热能，这时机体便不得不消耗自身组织而满足部分需要，久而久之便会发生营养不良。