窦性心动过缓的原因主要是由于迷走神经张力过高所致，除此之外，正常人，特别是长期参加体育锻炼或强体力劳动者，可有窦性心动过缓。睡眠和害怕也会引起一时性心动过缓。再如一些手法压迫眼球，按压颈动脉窦，呕吐，血管抑制性晕厥等均可引起窦性心动过缓。药物的应用如β-受体阻滞剂、利血平、胍乙啶、吗啡、洋地黄、奎尼丁、利多卡因、乙胺碘呋酮、异搏定、新斯的明、麻醉药等也可引起窦性心动过缓。还有全身性疾病如甲状腺机能减退、阻塞性黄疸、颅内压增高、某些感染如钩端螺旋体病、伤寒、流行性感冒、传染性单核细胞增多症、白喉恢复期、垂体功能迟钝、高血钾、碱中毒、食道憩室、抑郁症、都可引起窦性心动过缓。心脏血管性疾病如急性心肌梗塞，慢性缺血性心脏病，窦房结炎症，心肌炎、心内膜炎、心包炎侵及窦房结，窦房结动脉的血栓、扩张、炎症，某些心肌病如淀粉样变性，法鲁氏四联症或大血管错位术后，微生物累及心脏，出血进入窦房结，家族性窦性心动过缓，累及心脏抑制中枢或加速中枢的中枢神经系统疾病等，都是窦性心动过缓发生的原因。