有明显的脑膜刺激征出现以前应与一般非神经疾患相鉴别，包括上呼吸道感染、肺炎、消化不良、蛔虫病、伤寒、手足搐搦症等，此时做腰椎穿刺检查脑脊液即可明确诊断。在出现脑膜刺激症状及体征后，甚至在脑脊液检查后仍需与一系列中枢神经系统疾患相鉴别。

1、化脓性脑膜炎 其中最易混淆者为嗜血流感杆菌脑膜炎，因其多见于2岁以下小儿，脑脊液细胞数有时不甚高。其次为脑膜炎双球菌脑膜炎及肺炎双球菌脑膜炎。鉴别除结核接触史、结素反应及肺部X线检查可助诊断外，重要的还是脑脊液检查，在细胞数高于1000&time106/L(1000/mm3)，且分类中以中性多形核粒细胞占多数时，自应考虑化脓性脑膜炎;但更重要的是细菌学检查。

2、病毒性中枢神经系统感染 主要是病毒性脑炎，病毒性脑膜脑炎及病毒性脊髓炎均可与结脑混淆，其中散发的病毒脑炎比流行性者更需要加以鉴别。

各种病毒性脑膜炎之诊断要点为：

①常有特定之流行季节。

②各有其特殊的全身表现，如肠道病毒可伴腹泻、皮疹或心肌炎

③脑脊液改变除细胞数及分类与结脑不易鉴别外，生化改变则不相同，病毒性脑膜炎脑脊液糖及氯化物正常或稍高，蛋白增高不明显，多低于1G/L(100mg/dl)。

④各种病毒性脑炎或脑膜炎有其特异的实验室诊断方法，如血清学检查及病毒分离等(参阅各有关专章节。)