由于新生儿抵抗力差和脑膜炎症状不典型，使早期确诊和及时治疗存在一定困难，因此并发症及后遗症相对较多。并发症中以脑室炎、硬脑膜下积液、积脓较多见。

　　1.脑室炎 脑室系统及其周围的炎症。以化脓性脑室液为特征，较一般颅内感染病情凶险，死亡率高。脑室炎是一种以脑室内液细胞增多(100个以上的多形核白细胞)、糖降低及脑室内液出现细菌为特征的感染。它好发于G-杆菌性脑膜炎的早产儿，脑室内异物存留的病人如脑室心房/脑室腹腔分流术、脑室外引流术及穿通伤，以及脊膜膨出的儿童。其中以分流引起者最多见。

　　其发生率可达65%～90%，甚至100%。年龄愈小、化脑的诊断和治疗愈延误者，则发病率愈高。临床表现可有患儿经常规治疗后，疗效和化验结果不见好转;病情危重、频繁惊厥、出现呼吸衰竭或脑疝，脑脊液培养出少见细菌(大肠埃希杆菌、流感杆菌、变形杆菌等)，颅内压增高，已排除硬脑膜下积液及化脓性脑膜炎复发者，确诊必须行脑室穿刺术取脑脊液检查。

　　2.硬脑膜下积液 硬脑膜下积液是指头部外伤后硬脑膜下腔大量液体积聚引起头痛、恶心、呕吐等颅内压增高的症状或偏瘫、失语。前囟饱满或隆起;硬脑膜下穿刺有黄色液体>1ml;颅骨透照及头颅CT、有助诊断。

　　治疗过程中脑脊液检查好转，而体温持续不退，临床症状不消失;病情好转后又出现高热、抽搐、呕吐。

　　后遗症中以脑积水、智力低下等较常见。