晚期常出现合并症，如慢性不全性肠梗阻、肠穿孔、内瘘形成，右下腹可及肿物。

　　有时可产生直肠狭窄和肛门瘘管。可继发贫血、血浆白蛋白减少、低钙(低镁及低锌)血症、维生素D缺乏症、骨折、骨痛、胆固醇胆石症、草酸钙肾结石、输尿管梗阻、急性肾功能衰竭以及淀粉样变性等。

　　一、消化道出血：

　　消化道出血是临床常见严重的症候。消化道是指从食管到肛门的管道，包括胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠及直肠。

　　上消化道出血部位指屈氏韧带以上的食管、胃、十二指肠、上段空肠以及胰管和胆管的出血。屈氏韧带以下的肠道出血称为下消化道出血。

　　如病变接近于肠道血管分支，且侵袭较深，可出现消化道隐性或显性失血。

　　二、消化道梗阻：

　　在消化道梗阻中，回肠、回盲部、空腔部的重复畸形发病率高，故小肠梗阻症状最为常见。囊状或管状畸形均可压迫肠腔，是造成梗阻的主要原因。

　　主要原因是肠壁纤维增生、水肿、挛缩或肉芽肿等导致肠腔狭窄，或有肠襻间粘连压迫，或由于肠管内炎性息肉样病变隆起加之粪便团块阻塞等。

　　三、消化道穿孔：

　　由于本病侵犯胃肠道壁全层，易造成全壁严重损伤，裂隙状溃疡穿透后可形成慢性穿孔，与周围组织粘连。但极少出现急性穿孔或游离性穿孔。

　　四、脓肿形成：

　　胃肠道急、慢性穿孔易并发腹腔感染，继之而肠腹壁间、肠襻间、肠系膜内、肝下、脾下、膈下等形成小脓肿，患儿表现高热、寒战、持续性腹痛或脓毒血症。一般多为革兰阴性杆菌感染。

　　五、瘘道形成：

　　局限性回肠炎比其他肠道炎症性病变更易出现瘘道，原因如前述。

　　多为肠襻间瘘道如小肠与乙状结肠间。其他也有肠与腹膜间，肠生殖器间，肛周与直肠间等。

　　六、营养不良、生长发育迟缓：

　　水、电解质失衡可致儿童缺钙、锌、镁等。由于营养状况及治疗药物的应用，慢性发育不良常见，骨骼发育迟缓，骨骺钙化不全，智力也可能有一定水平低下。

　　七、其他：

　　伴发胃肠道癌的几率增加，但这并无定论。