埃及血吸虫病临床症状复杂，主要需与泌尿系统疾病，如肾结石、肾炎、肾结核、膀胱癌，膀胱炎等鉴别。与上述泌尿系统疾病作鉴别时，一方面可根据患者的发病史，如有无进入血吸虫流行区等。另一方面通过临床表现也可与部分疾病区别，如埃及血吸虫病与大多泌尿系统疾病都有血尿、尿频、尿急、尿痛等症状，但肾结石患者常可出现绞痛或钝痛以及排尿时可有沙石排出，肾结核患者除了泌尿系统的症状之外还有结核病的发热、食欲不振、乏力、盗汗等症状。
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