不同时期的血吸虫病的鉴别：

　　急性血吸虫病有误诊为伤寒、阿米巴肝脓肿、粟粒性结核等。血象中嗜酸性粒细胞显著增多有重要的鉴别诊断价值，不可忽视。

　　慢性血吸虫病 须与慢性菌痢、阿米巴痢疾、溃疡性结肠炎、肠结核、直肠癌等病鉴别。粪便孵化血吸虫毛蚴阳性可确诊。

　　晚期血吸虫病与门脉性及坏死后肝硬化的鉴别：前者常有慢性腹泻便血史，门静脉高压引起巨脾与食管下段静脉曲张较多见，肝功能损害较轻，黄疸、蜘蛛痣与肝掌较少见，但仍需依赖多次病原学与免疫学试验检查才能鉴别。

　　不同类型的血吸虫病的鉴别：

　　肺血吸虫病，主要应与粟粒性肺结核、矽肺慢性支气管炎支气管哮喘及非特异性小叶性肺炎等相鉴别。

　　脑血吸虫病，主要应与其他脑寄生虫病如脑棘球蚴病、脑猪囊尾蚴病、脑阿米巴病、脑弓形虫病等。主要依赖于流行病学特征，特异性免疫诊断及典型影像学检查加以区别。

　　肝脾肿大型，应与无黄疸型病毒性肝炎鉴别。后者食欲减退、乏力、肝区疼痛与肝功能减损均较明显。

　　其他鉴别：

　　在流行区血吸虫病合并乙型病毒性肝炎在国内较为常见。此外，在流行区的癫痫患者均应除外脑血吸虫病的可能。