消化系统念珠菌病应与食管炎、胃炎、肠炎等鉴别。念珠菌肺炎、脑膜炎、心内膜炎应与结核性、细菌性以及其他真菌性感染鉴别。做病原学检查是与其他细菌疾病鉴别的有效方法。在念珠菌病病变部位采取标本，以10%KOH制片或革兰氏染色，镜下观察，可找到念珠菌菌丝或孢子。或将采集到的标本进行细菌培养。在进行细菌培养适应结合涂片镜检、组织活检血清学和分子生物学检查等结果对病菌做出判定。
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