皮肤奴卡菌病需要与孢子丝菌病、皮肤结核和放线菌性足菌肿相鉴别。肺部奴卡菌病应注意与各型肺结核、肺部真菌病、细菌性脓肿及肿瘤相鉴别。脑奴卡菌病应与脑部肿瘤、细菌性脑脓肿等脑占位性病变相鉴别。播散性奴卡菌病的鉴别诊断较复杂，关键在于警惕本病。鉴别的手段与奴卡菌病的检查手段差异不大，一方面通过细菌检查鉴别菌种，如染色检测时奴卡菌病应用硫酸可脱色，结核分枝杆菌染色时用的乙醇酸可脱色。另一方面是利用影像检查鉴别，如奴卡菌病脓肿与肿瘤的鉴别。