一般根据在婴儿期发病、慢性湿疹、反复葡萄球菌感染、血清中IgE持续高值、白细胞趋化功能低下等判断诊断，不难鉴别。

　　1.高免疫球蛋白E综合征与异位性皮炎虽表现相似，但是分布和性质不同，其两者的鉴别为前者有严重复发性葡萄球菌性脓肿和肺炎。异位性皮炎多发于过敏性体质的婴幼儿及青少年，部位遍及脸、颈、手肘、膝窝、四肢背侧等，表现为红疹、皮肤变厚、粗糙等症状的反复发作。

　　2.一些原发性免疫缺陷病也伴有血清IgE增高，如胸腺发育不良、湿疹血小板减少伴免疫缺陷综合征(WAS)、某些严重联合免疫缺陷病(如Omenn综合征和所谓的Nezelof综合征)、慢性肉芽肿病和选择性IgA缺陷病，应予以鉴别。

　　3.此外，高IgE综合征与Job综合征的关系尚不清楚，亦应予以区别。