1、先天性梅毒：患上先天性梅毒的新生儿也会出现肝脾肿大、皮肤瘀斑、脉络膜视网膜炎等症状，与巨细胞病毒感染的症状很相似，二者可以通过母亲感染情况、化验婴儿血清进行区别。

　　2.婴儿肝炎 肝脏病理改变可见肝细胞水肿和类似慢性肝炎样改变，又可引起重型肝炎改变。包涵体累及肝内胆管上皮细胞，引起胆管炎、胆汁淤积和黄疸。鉴别要点为CMV临床表现为多系统、多脏器的损害和实验室证实宿主体内有HCMV的侵入，即可诊断为CMV感染。

　　3、先天性风疹：患有先天性风疹的新生儿，出生时皮肤就可出现紫红色大小不一的斑点，且常伴有肝脾肿大、肝炎、溶血性贫血、耳聋等症状，这些症状与巨细胞病毒感染有相似之处，如果病儿出现先天性心脏、中心性白内障，则应考虑先天性风疹病毒感染。如果从症状不能鉴别，可以通过母亲感染情况、病儿血清中的抗体进行区别。

　　4.先天性弓形体感染　先天性弓形体感染与妊娠关系密切，母亲在妊娠期受到弓形体感染后,不论是显性或隐性感染，均可通过胎盘感染胎儿，直接影响胎儿发育，致畸严重。先天性弓形体感染，出生后呈全身性急性感染表现。先天性弓形体病现已成为人类先天性感染中最严重的疾病，多可致胎儿畸形、早产、死产等。CMV表现及预后与先天性弓形体感染相似，主要依赖实验室检查鉴别诊断。

　　其他 与其他病因的病理性黄疸和其他感染性脑病、脑膜脑炎鉴别，主要依赖实验室检查结果鉴别。