1、血红蛋白H病： 本病须与β-地贫、红细胞GbPD缺陷症、黄疸型病毒型肝炎、HS和缺铁性贫血鉴别。

　　β-地贫：β-地中海贫血(简称β-地贫)是由于β-珠蛋白基因上多个位点突变导致肽链表达失衡而产生的单基因遗传血液病(如Codon41-42,IVS-2nt654,TATA box nt-28等)，是我国南方发病率较高的遗传病之一。基因诊断即可确诊。

　　黄疸型病毒型肝炎：本病黄疸少见，黄疸轻至中度，轻度肝、脾肿大，切脾后黄疸不消退。肝功能检查即可确诊。

　　缺铁性贫血：缺铁性贫血(iron deficiency anemia, IDA)是由于体内缺少铁质而影响血红蛋白合成所引起的一种常见贫血。在红细胞的产生受到限制之前，体内的铁贮存已耗尽，此时称为缺铁。这种贫血特点是骨髓、肝、脾及其他组织中缺乏可染色铁，血清铁浓度和血清转铁蛋白饱和度均降低。典型病例贫血是属于小细胞低色素型。

　　2、Hb Bart’s胎儿水肿综合征： 与新生儿同族免疫性溶血所致胎儿水肿鉴别，临床特征肝肿大比脾肿大明显，特征性红细胞形态及Hb电泳主要Hb为Hb Bart’s，以此即可鉴别。