有三联征存在时诊断可以确定，有时主要为角膜炎而非结膜炎，或表现为龟头炎而非尿道炎，有时以皮肤黏膜表现明显，因此需与其他疾病相鉴别。

　　关节病变为主者，需同多种风湿性疾病，如急性风湿热、痛风性关节炎和脊柱关节病的其他类型(银屑病关节炎、强直性脊柱炎、肠病性关节炎等)相鉴别。但最重要的是排除细菌性关节炎。

　　细菌性关节炎：多为单关节炎，急性发病，常伴有高热、乏力等感染中毒症状，关节局部多有比较明显的红、肿、热、痛的炎症表现，滑液为重度炎性改变，白细胞计数常大于50,000个/ml，中性粒细胞多在75%以上。滑液培养可以发现致病菌。

　　皮肤黏膜病变为主者，应与皮肤黏膜疾病鉴别。

　　白塞病：本病基本病变为血管炎，全身大小动静脉均可受累。有反复口腔粘膜、生殖器溃疡并伴眼炎。虽可有关节病、关节炎但通常较轻。本病有较为特异的皮肤损害，如针刺反应、结节红斑等。可有动脉栓塞和静脉血栓形成。

　　皮肤黏膜眼综合征又名斯-琼综合征。本综合征为多形渗出性红斑综合征中较严重的一个类型，主要表现以皮肤广泛不同阶段的多形皮损，口眼黏膜病变及全身中毒症状。