目前尚无治愈的方法，但许多治疗手段有助于减轻炎症和缓解症状。抗胆碱能药物苯乙哌啶、易蒙停、无气味的阿片酊或可待因，都有助于缓解病人的腹痛和腹泻。这些药物都采用口服，在进食前服用效果更好。使用甲基树脂或车前草制剂有助于使大便成形而预防肛门受刺激。

　　常常使用广谱抗生素。灭滴灵有助于减轻克罗恩病的症状，尤其是当病变累及大肠或引起肛门周围脓肿和瘘管时。但长期使用灭滴灵可能造成神经损害，引起双上下肢的针刺样感。通常在停药后，这种副作用会消失，但又常常使克罗恩病复发。

　　水杨酸偶氮磺胺吡啶及其相关药物能控制轻度的炎症，尤其是对大肠的炎症，但这些药物对急性、严重发作者治疗效果较差。

　　皮质类固醇如强的松，可有效减轻发热和腹泻，缓解腹痛和压痛，增进食欲和改善身体一般状况。但是，长期使用皮质类固醇无例外地都会引起较严重的副作用。通常，应用大剂量缓解急性或重度的炎症和症状后，就应减小剂量，并尽早停用。

　　某些药物，如硫唑嘌呤和巯嘌呤，能调整病人免疫系统的反应，用于对其他药物无效的病人，或作为维持缓解的长期用药。这些药物能显著改善病人的全身情况，减少皮质类固醇的需要量，并常常能治愈瘘管。但这些药物常需用药3～6个月以上才能产生疗效，而且有潜在的严重副作用。因此，用药期间必须严密监视有无过敏、胰腺炎和白细胞减少发生。配方饮食将每一种营养成分准确测量后配制成要素饮食，至少可短期内改善肠梗阻或瘘管的病情，也有助于儿童患者更好地生长发育。在手术前或手术后可试用这种饮食，或将这种饮食作为手术治疗的辅助治疗手段。偶尔，需要用全胃肠外营养，即从静脉输入高浓度营养物质，以补偿克罗恩病造成的吸收不良。

　　发生肠梗阻或脓肿、瘘管不愈，也可能需要手术治疗。手术切除病变肠段可缓解症状，但不能治愈本病。炎症大多在肠段连接处复发。大约一半的病人需要作第二次手术。最后，外科手术仅限于某些特殊并发症者，或药物治疗失败者。大多数经手术治疗的病人认为其生存质量优于手术前。

　　一般说来，克罗恩病不会缩短病人的寿命，但是，一些长病程的克罗恩病患者可死于消化道癌。