大体标本，在疾病晚期，肾脏小于正常，外观不规则，见多发的瘢痕。有认为1个或多个肾盏扩张及相应的皮质有瘢痕，是细菌感染的病理特异指征，但对此尚有不同看法。显微镜检，间质呈典型的慢性炎症变化，主要见淋巴细胞、浆细胞和成纤维细胞。有大量的胶原和含粘多糖的基质沉积。肾小管细胞萎缩扁平，肾小管外形因周围的纤维组织而扭曲，并常见管腔扩张，内含嗜酸性管型。肾小管基底膜特征性增厚。疾病后期肾小球才继发性受累，周围绕以纤维组织，最后肾小球簇发生纤维化和透明样变。血管组织受累的程度各异，但有高血压的患者(约占间质性肾炎患者的50%)可见肾小动脉硬化。因肾间质主要位于髓质区。髓质及乳头在硬化和变形病变中严重受累。有时可见肾乳头坏死。尤其是在镇痛剂肾病患者。