胃淀粉样变病术前仅依据上述各种临床表现和影像学特点是无法明确诊断的，确诊需组织学检查。如怀疑患者淀粉样变病，首先应取活检进行组织学检查，活检部位首选十二指肠、直肠和腹壁脂肪，阳性率分别为100%、91%和80%。局限性淀粉样变的诊断需证实其他器官无此病变。病理组织学检查以刚果红染色最具确诊意义，标本经高锰酸钾处理后，再行刚果红染色，以及根据是否与抗AA血清反应可区分AA型和AL型淀粉样变。AA型淀粉样变经高锰酸钾处理后刚果红染色为阴性，而AL型不受影响。免疫组化检查使淀粉样变分型更准确。用各型淀粉样变病均含有的一种血清淀粉样P物质（SAP）进行核素标记，对诊断淀粉样变具有十分重要的意义。