自身免疫病由自身抗体和 / 或针对自身抗原的效应 T 细胞对自身抗原发生的免疫应答引起，其发病机制与 II 、 III 、Ⅳ型超敏反应有关。大多数自身免疫病由某一型超敏反应引起，但也有一些自身免疫病同时存在两种以上的超敏反应，如系统性红斑狼疮系由 II 、 III 、Ⅳ型超敏反应共同作用所致。自身免疫病的发生与下述因素有关：

　　(一)遗传因素
　　遗传因素在自身免疫病的发病机制中起重要作用，如系统性红斑狼疮在不同人种间的发病率有很大差别。自身免疫病常有在家族中群集发生的特征。 MHC-II 类分子的异常表达导致细胞表面抗原性质发生改变，与多种自身免疫病的发生密切相关。 Fas(CD95)/FasL(CD95 配体 ) 基因缺陷或表达异常也与多种自身免疫性疾病的发生有关。

　　(二)自身抗原因素

　　1. 隐蔽抗原的释放 脑、晶状体、精子、甲状腺球蛋白等组织在正常情况下不与免疫细胞接触，称为隐蔽抗原。当外伤、手术、感染等原因，使隐蔽抗原释放入血液和淋巴系统，得以与免疫系统接触并引发自身免疫反应，即可导致自身免疫病的产生。如眼外伤引起白内障或交感性眼炎、精子抗原释放引起男性不育症等。

　　2. 自身抗原的改变 正常情况下自身物质对自体无免疫原性，但在物理、化学、感染及药物等因素影响下，自身组织和自身细胞的抗原性质发生改变，产生新的抗原决定基，可引起自身免疫病。

　　3. 共同抗原的作用 某些外来抗原 ( 如细菌、病毒 ) 与机体组织成分有共同或相似的抗原决定基，由它们激发的免疫应答所产生的抗体或效应性 T 淋巴细胞，既可针对外来抗原，又可针对与外来抗原有共同或相似抗原决定基的自身组织，发生交叉免疫反应。如链球菌菌体多种抗原蛋白与人体肾小球基底膜和心肌内膜有共同抗原，当感染链球菌时可引发急性肾小球肾炎和风湿性心脏病。

　　(三)免疫调节因素

　　1. 淋巴细胞改变识别抗原能力 由于理化或生物因素的影响，淋巴细胞失去原有的识别能力，将自身成分误认为是非己抗原，产生免疫应答，引起自身免疫病。

　　2. 多克隆激活剂的激活 EB 病毒、细菌内毒素等激活剂，可绕过特异性 Th 细胞，直接非特异地激活多克隆 T/B 细胞产生自身抗体，引发自身免疫病。

　　3.T H 细胞旁路 T H 旁路是指向机体输入与自身抗原稍有不同的新载体抗原决定基，激活相应新的 T H 细胞，从而绕过耐受 T H 细胞，使由于缺乏 T H 细胞辅助信号而处于静止状态、针对自身抗原的 T/B 细胞克隆活化，引起自身免疫反应。当自身组织细胞因理化、生物因素 ( 如药物、病毒 ) 的影响修饰了自身抗原的载体部分，或由于共同抗原的侵入，都可诱发 T H 细胞旁路的活化，导致自身免疫病的产生。

　　4. 免疫调节机制紊乱 虽然机体经常受到各种内外因素的影响，因体内存在一个精密的免疫调节网络，正常情况下也不至于引起自身免疫病。如果由于抗原提呈细胞表面辅助因子的异常表达、 Th1 和 Th2 细胞功能失衡、 T S 细胞缺陷或功能障碍、 MHC-II 类分子异常表达、细胞因子及其受体 ( 如 IL-2/IL-2R 、 IL-6 、 IFN) 产生失调等原因使免疫调节机制发生紊乱，都会导致自身免疫病的发生。