艾滋病的许多感染是可以按其在人体发生的部位来划分的，最常见的感染累及的器官顺序如下：

肺脏：在艾滋病中这是最常受累的器官，也可能是因为对所有被吸入的微生物来说，肺是个敞开的门户。肺脏是卡式肺囊虫的主要侵入对象。也是巨细胞病毒，新形隐球菌以及多种典型和非典型结核杆菌常侵犯的部位。艾滋病患者同时受到其中几种微生物的感染时不常见的。一种感染也许还可以治疗，而混合感染无论给何种药物，治疗都无效。在尸检时发现，许多艾滋病患者死于呼吸衰竭，这种呼吸衰竭或者是由肺部感染本身造成的。或者是由治疗肺部感染所致。

皮肤：这个是卡波西式肉瘤好发的部位，单纯疱疹病毒和带状水痘病毒能在皮肤许多不同的部位引起令人疼痛的，深在的破坏性溃疡。肛门部位，有时会受到另外一种叫做传染性软疣的病毒的感染，使之受累变形。

胃肠道：从口唇到肛门之间的消化道的任何部位，均可受累。常见的微生物包含单纯性疱疹病毒，能引起食道发炎的炎症，以及白色念珠菌。它能引起口腔的鹅口疮。又能引起食物吸收不良。这些微生物包含隐孢子菌，巨细胞病毒，腹同形袍子虫以及细胞内鸟型结核杆菌。还有毛发白斑病。这是与几种病毒有关的舌部白斑样病损。已有越来越多的报道。它作为艾滋病病人的初期症状出现。

淋巴结：淋巴结所发生的变化，可以是微生物直接感染引起的。例如隐球菌或者结核杆菌，或由于卡波西式肉瘤瘤细胞的侵入所致。也可以是作为身体感染部位引流淋巴结而受到影响。

眼睛：有少数艾滋病患者，他们的视网膜受到巨细胞病毒的感染而发炎，常使受累的眼睛失明。

脑：多数艾滋病患者在他们患病过程中，有时脑子的各种功能会出现巨大的变化。在艾滋病患者中引起脑病的机会性感染包括由原虫类的弓浆体虫引起的弓浆体虫病。由新形隐球菌引起的脑膜炎以及由病毒慢慢侵蚀脑组织而引起的进行性多灶性脑白质病。

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