口腔病变口腔病变在艾滋病及艾滋病前期时常发生。其中以白色念珠菌感染、单纯性疱疹病毒感染、EB病毒感染、卡波氏肉瘤、淋巴瘤最为常见。
消化系统病变消化系统为艾滋病机会性感染的常见部位。侵害胃肠道的病原为阿米巴、隐孢子球虫（此两种属寄生虫类）；白色念珠菌；痢疾杆菌、结核杆菌（此两种属细菌类）；巨细胞病毒等，表现为较严重的腹泻，有的类似霍乱。长期持续发病，可因衰竭而死亡。感染所致的肛门慢性溃疡，可视为艾滋病的特征之一。
神经系统病变90%的艾滋病人在不同病理时期有神经系统症状。其中艾滋病脑炎是由艾滋病毒侵入神经组织引起的，特点是进行性的认识能力受损，25%~50~的病人伴有运动及行为异常。脑病发生后从严重痴呆到死亡不超过6个月。巨细胞病毒感染、单纯疱疹病毒感染、弓形体感染、梅毒感染等等，都会造成脑炎。其他社经系统病变还有脑肿瘤、脑出血、脑梗塞、带状疱疹性神经根炎等。
心血管系统病变艾滋病毒、巨细胞病毒、链球菌、结核菌、疱疹病毒感染及卡波氏肉瘤都可引起脑血管病变。各种机会性感染引起的心肌炎更为多见。有报告称：1982至1986年，经尸体解剖的71例艾滋病病例中，竟有37例患心肌炎。

内分泌系统病变见有胞腺、脑下垂体、甲状腺、胰腺、肾上腺等方面的病变。睾丸病变可使精子生成减少或缺乏。若发生在早期，还可见睾丸萎缩现象，而使性欲减退。艾滋病的内分泌病变并非罕见，可有两种以上并发。肾脏病变约10%~30%的艾滋病人有肾机能障碍，最常见者为肾小管坏死，早期为蛋白尿，晚期为尿毒症终末期肾病变。眼科病变症状轻微者可能仅有结膜炎，严重者会丧失视力。并可发生恶性肿瘤。

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